日本有许多世界知名的大学，其中一些最著名的包括：

1. 东京大学（The University of Tokyo）：作为日本最高学术殿堂和帝国大学之首，其在全球享有极高的声誉。

2. 京都大学（Kyoto University）：是日本乃至亚洲顶尖的研究型国立综合大学之一，尤以理科见长。

3. 大阪大学（Osaka University）：是一所日本顶尖、世界一流的著名研究型综合国立大学。

4. 名古屋大学（Nagoya University）：是日本最年轻的旧帝国大学，也是环太平洋大学联盟、东亚研究型大学协会等重要学术组织成员。

5. 早稻田大学（Waseda University）：是一所位于日本东京都新宿区的私立大学，其毕业生在政治界、经济界、文化界等领域拥有较大影响力。

6. 庆应义塾大学（Keio University）：是日本的顶尖私立大学，与早稻田大学并称“日本私立双雄”。这些大学以其卓越的教育质量、研究实力和国际交流而闻名于世。