建立完整的硝化系统在鱼缸中建立起一个完整的生态系统，培养稳定的硝化菌群落，对于一定负荷量的鱼粪以及食物残饵等有机杂质来说，有着绝对的清理能力，也是清理鱼粪等有机杂质的最优选择。

选择合适的过滤器，一般来说，很容易就能建立起一个完整的生态系统。用吸管或者虹吸装置将鱼粪等有机杂质吸出来这种方法一般适用于裸缸，当发现鱼缸缸底有鱼粪等杂质沉淀时，吸出来即可，然后将附带吸出的水量补回去即可。这种方法比较耗人力，一般是辅助过滤进行的。