南京户口本补办的程序一般包括以下步骤：

1. 准备材料：准备需要的材料，包括身份证、户口本遗失声明书或报警单、户口迁移证明等。

2. 前往办理地点：前往南京市户籍管理部门、派出所或社区居民委员会等相关部门，具体地点可以向当地派出所或户籍管理部门咨询确认。

3. 填写申请表：向相关部门索取户口本补办申请表，填写相关信息。

4. 提交材料：将准备好的材料，包括申请表、身份证等，一并提交给相关部门。有些部门可能会要求提交复印件或照片，请根据要求提供。

5. 缴费：根据当地规定，缴纳户口本补办的费用。一般来说，费用较低，可以向相关部门了解具体金额和支付方式。

6. 等待处理：提交申请后，需要等待相关部门处理申请。处理时间根据具体情况可能有所不同，一般会在一定时间内出具补办的户口本。

7. 领取新户口本：收到通知后，前往相关部门领取新的户口本。请注意，具体的办理流程可能因地区和具体情况而有所差异，所以在申请前最好与当地相关部门进行沟通和确认。