贵港自然博物馆共设有三个主要的展区。

首先是自然之美展区，展示了贵港地区丰富多样的自然资源和生物多样性。其次是地质奇观展区，介绍了贵港地质演变的历史和地质奇观。最后是生态环境展区，重点关注贵港地区的生态环境保护和可持续发展问题。这三个展区共同构成了贵港自然博物馆丰富多彩的展览内容，让观众能够全面了解贵港地区的自然环境和生态特点，加深对自然的认识和保护意识。