当员工在工厂中制造出不合格的产品时，通常需要根据公司的规定和劳动合同来处理。

首先，员工可能需要承担一定的经济责任，即赔偿因质量问题导致的损失。具体的赔偿金额取决于产品成本、损坏程度以及员工的过错程度。其次，公司可能会对员工进行相应的处罚，如警告、罚款或暂停工作等。这些措施旨在确保员工认识到错误并防止未来再次发生类似问题。最后，公司应提供培训和教育，帮助员工提高技能和质量意识，以减少未来的错误。通过这种方式，员工可以学会如何更好地履行职责，同时公司也可以减少因质量问题造成的损失。