琼脂由琼脂糖（Agarose）和琼脂果胶（Agaropectin）两部分组成。

作为胶凝剂的琼脂糖是不含硫酸酯（盐）的非离子型多糖，是形成凝胶的组分，其大分子链链节着1；3苷键交替相连的β-D-半乳糖残基和3；6-内醚-L-半乳糖残基 。而琼脂果胶是非凝胶部分，是带有硫酸酯（盐）、葡萄糖醛酸和丙酮酸醛的复杂多糖，也是商业提取中力图去掉的部分。商品琼脂一般带有2%―7%的硫酸酯（盐），0%―3%的丙酮酸醛及1%―3%的甲乙基。