去除初中化学公式中的水印，可以采取以下步骤：

1. 使用扫描仪或手机拍照功能，将含有水印的化学公式进行高清扫描或拍摄。

2. 打开图像处理软件（如Photoshop、美图秀秀等），导入扫描得到的化学公式图片。

3. 在图像处理软件中，选择“修复”或“去水印”工具。根据水印的位置和大小，选择合适的工具。

4. 使用修复工具在水印上涂抹，软件会自动分析并尝试消除水印。对于复杂的水印，可能需要多次涂抹和调整。

5. 检查去除水印后的化学公式，确保没有留下痕迹，且公式的清晰度不受影响。

6. 保存去除水印后的化学公式图片，以便后续使用。注意：在去除水印的过程中，应尽量保持化学公式的完整性和清晰度。如果水印严重影响了公式的可读性，建议寻找无水印的版本。