在进行初中生物实验时，选取番茄作为实验材料的过程如下：首先，选择新鲜、成熟且没有病虫害的番茄。

在实验前确保番茄清洁干净，避免污染实验样本。其次，将番茄置于实验台上，用消过毒的刀具轻轻切开。切面应尽量平整，以便于观察和取样。注意操作过程中保持器具和双手的清洁，防止微生物污染。最后，根据实验需求，从切开的番茄中取出适量的组织或汁液进行实验。例如，若要进行细胞观察，可以取一小块果肉；若要进行营养成分分析，则可以挤出部分汁液。在整个取材过程中，务必小心谨慎，避免对番茄组织造成不必要的损伤，以免影响实验结果。