县级不动产登记中心不能查农村宅基地，县级不动产登记中心只负责大产权房的初始登记和变更登记，也就是说新房办证和交易二手房办理不动产过户，要查农村宅基地，需要到自然资源和规划局去，有专门负责宅基地管理的科室，负责农村不动产登记。