当商店的货物因水灾受损时，首先应评估损失程度。

根据保险条款，如果商店购买了财产保险或商品保险，保险公司可能会承担部分或全部赔偿责任。请按照以下步骤操作：

1. 立即联系您的保险公司报告损失，并保留所有相关证据，如照片、视频和收据。

2. 根据保险公司的指导进行索赔程序，包括填写索赔表格并提供必要的文件和信息。

3. 保险公司将对损失进行评估，并根据保单条款确定赔偿金额。

4. 如果您对赔偿结果不满意，可以咨询专业律师了解进一步的法律途径。请注意，具体的赔偿过程可能因保险公司和地区而异，务必遵循保险公司的指示和要求。