如果商家被消费者恶意敲诈，可以采取以下措施：

1. 保留证据：将涉事消费者的相关证据保存下来，如对话记录、商品损坏照片、交易流程等，以备追究责任时作为证据呈现。

2. 分析研究：对存有异议的消费者退货、换货申请进行透彻、客观、公正的研究分析，确定事态的真相与责任归属。

3. 维护权益：如果商家确实遭受了恶意敲诈行为，应该根据法律规定对消费者进行追责，维护自身合法权益。