当地铁施工或运营对商铺造成损害时，地铁公司通常会根据实际情况和当地法规进行赔偿。

首先，地铁公司会评估商铺的损失程度，包括直接损失（如物品损坏、营业收入减少等）和间接损失（如客户流失、商誉受损等）。其次，双方可以协商确定赔偿金额，如果协商不成，可寻求第三方专业机构进行评估。最后，地铁公司会根据评估结果和法律规定向商铺支付赔偿金。在整个过程中，地铁公司应保持与商铺的沟通，确保赔偿工作的顺利进行。