要清除养殖塘中的水底藻类，可以采取以下几种方法：

1. 机械清除：定期使用水泵或清淤设备将塘底的淤泥和藻类抽吸出来，然后进行无害化处理。

2. 生物控制：引入食藻生物如某些鱼类（如草鱼、鲤鱼）或贝类（如蚌、螺），它们可以直接摄食藻类，减少其数量。

3. 化学控制：在专业指导下使用适量的化学杀藻剂，但需注意剂量和使用方法，以免对水质和养殖生物造成不良影响。

4. 生态调控：通过调整水体营养盐平衡、增加水体流动性和透明度等方法，抑制藻类生长。例如，可以通过种植水生植物来吸收营养盐，或者安装增氧设备提高水体流动性。请注意，在实际操作中应结合具体情况选择合适的除藻方法，并遵循相关环保法规。