如果顾客在餐厅吃饭时发现了苍蝇，商家应该立即向顾客道歉并承担责任。

商家应该根据情况提供合理的赔偿，例如退还顾客的餐费、提供额外的服务或折扣，甚至道歉信或赔偿券。此外，商家还应该采取措施确保食品卫生和质量，如加强清洁和检查程序，以防止类似事件再次发生。最重要的是，商家应该积极倾听顾客的意见和建议，并采取措施改进他们的服务和食品安全标准，以重建顾客的信任。