在农村自建房房产证办理过程中，首先需要准备以下材料：身份证、户口本、宅基地使用证明、房屋建设许可证等。

然后按照以下步骤进行：

1. 向村委会提交申请，由村委会审核并出具相关证明。

2. 携带村委会出具的证明及相关材料到当地房管局或不动产登记中心提出申请。

3. 填写《房屋所有权登记申请表》，并提交所有相关材料。

4. 等待房管局或不动产登记中心的审核，审核通过后会通知您缴纳相关税费。

5. 缴纳税费后，即可领取房产证。请注意，具体流程可能因地区而异，建议提前向当地相关部门咨询具体要求和流程。