南京房产契税的计算方式根据购房情况有所不同。

对于购买家庭唯一住房，面积在90平方米及以下的，按1%的税率征收；面积在90平方米以上的，按1.5%的税率征收。对于购买家庭第二套改善性住房，面积在90平方米及以下的，按1%的税率征收；面积在90平方米以上的，按2%的税率征收。购买非普通住宅、非居住性质房产或第三套及以上住房时，契税统一为3%。具体税额还需根据实际成交价格和当地政策来确定。