三个校区分别是：南京校区、江阴校区和盱眙校区。

南京理工大学是隶属于工业和信息化部的全国重点大学，坐落在钟灵毓秀、虎踞龙蟠的古都南京。学校办学环境宜人，基础设施一流。近年来，学校立足南京、面向江苏，不断延伸和扩展办学面，形成了“一校三区”的发展布局（“三区”是指南京校区、江阴校区和盱眙校区）。南京校区占地3200亩，校舍建筑总面积108万平方米，固定资产总值50.3亿元，各类基础设施齐全，后勤服务系统完善，现有教学科研仪器设备21.3亿元，图书馆收藏280余万件印刷型文献、1100余万册各类电子型及数字型文献信息资源。主要聚焦核心办学功能提升建设孝陵卫、汤山两个分部，是学校传承办学文化、筑牢发展根基、扩大办学影响的主阵地，是支撑学校人才培养、科学研究等事业的核心校区。江阴校区占地1115亩，校舍建筑总面积32万平方米，主要聚焦国家战略实施和国际化办学，依托地方区域和产业优势，建设服务“两个强国”先行区、前沿交叉学科先试区、国际化办学示范区。盱眙校区正在筹建中，主要聚焦国防科技创新和成果转化，充分发挥地方资源优势，建设以陆海空天信深度融合的科研试验基地为主的功能校区。