三峡大学目前拥有一级学科硕士点20个（共计130个二级学科硕士点），分别是：管理科学与工程、教育学、马克思主义理论、中国语言文学、外国语言文学、数学、物理学、化学、生物学、机械工程、电气工程、计算机科学与技术、土木工程、水利工程、地质资源与地质工程、基础医学、临床医学、工商管理、生态学、软件工程。