设计shRNA（短干扰RNA）需要考虑目标基因的序列、shRNA的结构和表达载体。

首先，确定目标基因的mRNA序列，并从中选择一段长约19-21个核苷酸的区域作为shRNA的靶点。这段区域应位于mRNA的编码区，且与其它基因无相似性以避免非特异性抑制。接着，设计shRNA的DNA模板，其长度约为58-64个碱基对，包含一个反向重复序列（即上述选定的19-21个核苷酸序列），该序列中间被一个两个碱基的间隔区隔开。这个间隔区通常使用NNGG（其中N为任意碱基，G为鸟嘌呤）。最后，将设计的shRNA DNA克隆到合适的表达载体中，如pSilencer或pSUPER，这些载体能够在宿主细胞中表达shRNA，进而诱导目标mRNA的降解，从而降低目标蛋白的表达。设计shRNA时，需精确选择靶点，确保shRNA结构的正确性，并选择合适的表达载体进行实验。