在处理初中生物实验中的馒头碎屑时，首先应确保实验操作在安全、卫生的环境下进行。

实验结束后，应将剩余的馒头碎屑收集起来。可以将其放入一个塑料袋中，然后密封好。接着，将装有馒头碎屑的塑料袋与其他生活垃圾分开，放入学校或家庭指定的厨余垃圾回收箱内。这样可以确保馒头碎屑得到妥善处理，同时也有助于资源的循环利用。