南京市拥有多所211工程重点建设的高等院校，其中包括：

1. 南京大学（Nanjing University）：中国顶尖的综合研究型大学，以人文社科和自然科学见长。

2. 东南大学（Southeast University）：以工科学科为特色，同时涵盖理、文、经、管、医等多个领域的综合性、研究型大学。

3. 中国药科大学（China Pharmaceutical University）：在药学领域具有很高的声誉和影响力。

4. 南京理工大学（Nanjing University of Science and Technology）：以工为主，理、工、文、经、管、法等多学科协调发展。

5. 南京航空航天大学（Nanjing University of Aeronautics and Astronautics）：以航空航天科学技术为主导，兼具其他多个学科的全国重点大学。这些高校均为国家“211工程”重点支持的大学，代表着中国高等教育的重要力量。