黑藻虽然叫藻，但它不是藻类，而是一种高等植物，隶属于被子植物单子叶植物纲水鳖科黑藻属，为多年生沉水小草本。

因为其叶片结构简单，叶肉细胞为单层，叶绿体大而清晰，代谢旺盛而做为显微观察到良好材料。黑藻叶片细胞是单层细胞，可以直接观察。