秋季选择水库养殖时，应考虑以下因素：

1. 水质：选择水质良好、无污染的水库，确保养殖生物的生长环境安全。

2. 水源：确保有稳定的水源供应，以维持水库水位和水质。

3. 气候条件：秋季气温逐渐降低，需选择避风向阳的水库，以减少水温波动对养殖生物的影响。

4. 交通便利：选择交通便利的水库，便于运输饲料、投放鱼苗及收获水产品。

5. 法律法规：遵守当地关于水库养殖的法律法规，确保合法经营。

6. 技术支持：寻求专业养殖技术人员的指导，提高养殖成功率。