武汉工程大学下设有19个学院，分别是：机械与自动化学院、电气与电子工程学院、计算机科学与技术学院、土木工程学院、环境科学与工程学院、化学化工与生物工程学院、材料科学与工程学院、资源与安全工程学院、建筑与城市规划学院、经济与管理学院、外国语学院、艺术设计学院、体育部、马克思主义学院、继续教育学院、国际教育交流中心。