拜仁的队徽是全德国乃至全世界最出名的标志，据统计，大约有87％的德国人，89％的法国人；75％的英国人都知道这个标志。

拜仁从1921年开始使用队徽，但是当时的标志仅仅是字母F.C.B和M，后来逐渐演变成字母被代表胜利的月桂花环环绕着，随着时间的变迁，代表胜利的桂冠取代了月桂花环。1954年起，俱乐部采用代表俱乐部颜色的红底白字加兰白方块标志作为队徽，红与白是俱乐部的颜色，而兰白色的小方块则是慕尼黑这座自由城市的象征，本来俱乐部后边的E.V是代表协会的标志，但是从2002年2月起，因为俱乐部被改组为股份公司，所以FC BAYERN MUNCHEN EV的最后两个字母EV被取消了。