兼性厌氧指可在有氧或缺氧条件下，通过不同的氧化方式获得能量，兼有有氧呼吸和无氧发酵两种功能。

如酵母菌在有氧环境中进行有氧呼吸，在缺氧条件下发酵葡萄糖生成酒精和二氧化碳。兼性厌氧菌在有氧的环境下进行有氧呼吸大量繁殖，在无氧的环境下进行无氧呼吸一般不繁殖，所以若提高兼性厌氧菌的生长量应通入适量的氧气。对人和动物致病的大多数病原菌属于此，许多肠道细菌，如大肠杆菌等也属此类。