中性突变有三种类型： 一是“同义”突变，即在一个三联密码中，有一个核苷酸发生置换，往往不会造成氨基酸的改变。

认为“同义”突变频率占核苷酸置换总数的四分之一。二是非功能性DNA顺序的突变对蛋白质的合成没有影响。三是结构基因的突变，不影响蛋白质原有的主要功能。中性突变进化论认为，“中性突变”是通过随机的“遗传演变”的作用被加以固定在群体里，自然选择在分子水平上的进化过程中不起作用。即当一个生物的DNA分子出现中性突变，那么它是通过群体中的随机交配加以固定、或者发展或者消失，最后可实现种群的变化和新的物种的形成。