基因簇（gene cluster）指基因家族中的各成员紧密成簇排列成大串的重复单位，定于染色体的的特殊区域。

基因簇少则可以是由重复产生的两个相邻相关基因所组成，多则可以是几百个相同基因串联排列而成。他们属于同一个祖先的基因扩增产物。也有一些基因家族的成员在染色体上排列并不紧密，中间还含有一些无关序列。但总体是分布在染色体上相对集中的区域。基因簇中也常常包括一些没有生物功能的假基因。一组紧密连锁的且功能上密切相关的结构基因，多见于脉孢菌(Neurospora)等真菌中。这些基因各自编码的酶常能组成多酶复合物，能催化代谢中的特定反应。细菌同一操纵子中的几个结构基因也可称基因簇，但这些基因编码的酶并不组成复合体。ABCDEF表示基因簇中的基因，字母相同表示相同的基因，字母不同表示不同的基因。