棉花在种植初期可能会遇到多种病害，主要包括以下几种：

1. 立枯病：这是一种由真菌引起的病害，主要危害棉苗的根茎部。

症状为病苗基部变褐腐烂，最后导致幼苗枯死。

2. 炭疽病：这种病害主要危害棉苗的叶片和茎部。症状为叶片出现褐色小点，逐渐扩大成不规则形斑，严重时可导致叶片干枯脱落。

3. 枯萎病：这是一种由细菌引起的病害，主要危害棉花的根部和维管束。症状为植株生长缓慢，叶片黄化，最后整株枯死。

4. 黄萎病：这种病害主要危害棉花的叶片、茎秆和果实。症状为叶片出现黄色斑点，逐渐扩大成不规则形斑，严重时可导致叶片脱落。针对这些病害，应采取综合防治措施，包括选择抗病品种、合理轮作、加强田间管理、及时清除病残体等。在发病初期，还可以使用相应的农药进行防治。