酵母菌是真核细胞构成的真核生物，而乳酸菌是原核细胞构成的原核生物。

真核细胞内的遗传物质被核膜包围起来形成细胞核，而原核细胞内的遗传物质则没有核膜包围，也就是不形成细胞核。所以二者的主要区别就在于有无核膜，或者说有无细胞核。当然，也还有其他的区别。比如：酵母菌既能在有氧气的条件下生存，也能在无氧气的条件下生存并产生酒精，因而常被用于酿酒。而乳酸菌则只能在无氧气的条件下才能很好的生活，并产生乳酸，所以常被用于在鲜奶中发酵以生产酸奶。