自建房房产证办理流程如下：

1. 准备材料：身份证、户口本、建房许可证、土地证等相关证件。

2. 填写申请表：到当地房产管理部门领取并填写《房屋所有权登记申请表》。

3. 提交申请：将申请表及相关材料提交给房产管理部门。

4. 缴纳税费：根据当地规定，可能需要缴纳契税、印花税等税费。

5. 等待审核：房产管理部门会对提交的材料进行审核。

6. 领取房产证：审核通过后，按照通知时间到指定地点领取房产证。请注意，具体流程和所需材料可能因地区而异，建议提前咨询当地房产管理部门。