变性温度是PCR反应成败的关键，复性温度决定着PCR的特异性。

温度越低复性越好，但是容易出现引物与靶DNA的错配，增加非特异性结合，温度太高不利于复性，大多数PCR反应的复性温度在55℃左右。确定了复性温度后，复性时间并不是关键因素。但复性时间太长会增加非特异的复性。蛋白质或核酸的天然构象，在分子遭到变性以后，全部或部分恢复。它通常是特指分子生物学中一类生物大分子物质，尤指脱氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)。