东南大学四牌楼校区涵盖了大多数学院和系部，其中包括但不限于：建筑学院、土木工程学院、机械工程学院、能源与环境学院、电子科学与工程学院、现代信息科学与工程学院、材料科学与工程学院、化学化工学院、生命科学与工程学院、数学学院、物理学院、人文学院、经济学院、公共卫生学院等。