常州市第三中学有丰富多样的社团，包括学术类、文艺类、体育类、志愿者类等。

学术类社团有数学、物理、化学、生物等科学研究社团，还有英语、法语、日语等语言学习社团。文艺类社团有合唱、舞蹈、戏剧、美术、摄影等，其中合唱团曾多次获得省市级比赛的奖项。体育类社团有足球、篮球、羽毛球、乒乓球等，同时还有各种健身运动社团。志愿者类社团有红十字、环保、扶贫、助残等，积极参与社会公益活动。这些社团丰富了学生的课余生活，提高了他们的综合素质。