南京大学城主要分为三个大学城。

仙林大学城现已有南京大学、南京师范大学（含中北学院）、南京财经大学、南京邮电大学、南京中医药大学、南京森林公安高等专科学校、南京理工大学紫金学院等11所高校；江宁大学城包括南京航空航天大学，东南大学，正德学院，南京医科大学，江苏经贸学院，江苏海事学院，南京交通学院，南京金陵科技学院，南京晓庄学院，中国传媒大南京分校（南广学院），南京工程学院；江浦（浦口）大学城包括南京工业大学，南京审计学院，东南大学，南京大学，南京信息工程大学，南京农业大学工学院。