南通地区主要种植的棉花品种有：

1. 苏棉18号：该品种具有较好的抗病性和适应性，适合在江苏及邻近省份种植。

2. 泗棉4号：这个品种耐旱、耐盐碱，适宜在沿海地区种植。

3. 中棉所70：这是一个中熟品种，具有较高的产量和品质，适合在长江流域种植。

4. 鲁棉研28号：这个品种具有高产、优质的特点，适合在山东、江苏等地种植。

5. 邯6809：这是一个早熟品种，具有较好的抗病性和适应性，适合在华北地区种植。这些品种在南通地区的棉花种植中表现良好，可以根据当地的气候条件和土壤特性选择合适的品种进行种植。