农村房屋确权一证两户的情况需要依据实际情况进行处理。

首先，要查明两户是否对房屋共同产权，如有，可以协商达成共有协议，将房屋拆分为两份独立产权；如无，按照产权占比进行分割，颁发两张产权证书，确保每户的合法权益。同时，需要依据当地政策规定，进行相关手续办理。在处理过程中，应合理保护原有权益，维护公平、公正、公开的原则。