初三休学初二生物地理成绩的算法与学校的具体规定有关。

一般情况下，学校可能会根据休学前的成绩和学习情况，进行相应的判定和评估。对于初二生物地理成绩的算法，可能存在以下几种情况：

1. 学校可能会根据休学前的成绩，在休学期间进行适当的评估和测试，以确定休学期间的学习情况和水平。休学期间的学习成绩可能会作为一部分参考，与休学前的成绩相结合进行综合评定。

2. 如果学校没有进行休学期间的评估和测试，可能会直接以休学前的成绩作为最终评定依据。

3. 在一些情况下，学校可能会要求学生在重新入学后进行补考或者重修相关课程，以弥补休学期间的学习差距。总之，具体的成绩算法需要咨询学校的教务部门或者相关负责人，以了解学校的具体规定和要求。