种子的内部构造包括胚根、胚轴、胚芽、子叶四部分，其中胚根发育成植物的根，胚轴发育成连接植物的根和茎的部分，胚芽发育成植物的茎和叶，子叶为种子的发育提供营养。

种子是种子植物特有的器官，其主要功能是繁殖，一般植物的种子由种皮、胚和胚乳三个部分组成。种皮 由珠被发育而来，具保护胚与胚乳的功能。裸子植物的种皮由明显的3层组成。外层和内层为肉质层，中层为石质层。 被子植物的种皮结构多种多样，如花生、桃、杏等种子外面有坚硬的果皮，因而种皮结构简单。薄如纸状；小麦、玉米、水稻、莴苣的种子，果皮与种皮愈合，种子成熟时种皮被挤压而紧贴于果皮的内层；有些豆科植物和棉花的种子具有坚硬的种皮，种皮的表皮下有栅栏状的厚壁组织细胞层，表皮上有厚的角质膜。有些豆类种子由于角质膜过厚形成“硬实”，不易萌发。棉籽的表皮上有大量的表皮毛，就是棉纤维。番茄和石榴种子的种皮，外围组织或表皮细胞肉质化。常可与果皮分离。然而有许多种子经简单的处理后，仍与果皮共存。这些种子的自然传播或人为种植，皆以整粒果实行之，但习惯上仍称之为种子，此时是指植物学上的果实。