南京作为中国的科教重镇，拥有多所211工程高校。

其中较为知名的有：南京大学（Nanjing University），这是一所历史悠久的综合性大学，以人文社科和自然科学见长；东南大学（Southeast University），以工科和医学为特色；河海大学（Hohai University），在水利工程领域具有很高的声誉；南京理工大学（Nanjing University of Science and Technology），擅长于理工科教育；南京航空航天大学（Nanjing University of Aeronautics and Astronautics），在航空航天领域有着显著的研究成果。这些高校均为中国高等教育的重要力量，为国家培养了大批优秀人才。