两者没有区别，南通开发区就是南通经济技术开发区。

南通开发区位于南通市东南，于1984年12月19日经国务院批准设立，是中国首批14个国家级开发区之一，首批通过中国政府规划审核的开发区之一，被评为中国最具投资价值的十大开发区之一，区有苏通大桥纪念公园、老洪港风景区、江海风情街、市民广场、能达公园、能达湿地通廊等娱乐设施。在商务部开展的国家级经开区综合发展水平考核评价中，南通开发区位列第29位。