有区别，复旦学院是复旦大学的下属院系主义。

复旦大学位于上海市，是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的全国重点大学，世界一流大学建设高校（A类），国家“985工程”、“211工程”重点建设高校，复旦大学复旦学院成立于2005年9月，是复旦大学下属院系之一。复旦学院是学校实施通识教育的教学、研究和管理机构。

2005年，时值复旦大学百年校庆庆典年，学校决定正式成立复旦学院。