连云港科三2号线的终点起步和起点起步的不同主要在于行驶路线和地理位置。

终点起步是指在终点站，即临海大道与凤岗路交叉口，进行倒车入库等操作后，从终点站出发；而起点起步是指在起点站，即连云港职业技术学院对面，进行倒车入库等操作后，从起点站出发。此外，从终点起步到起点起步的路线也不同，终点起步的路线是从临海大道沿东龙山路驶入，在各个考核路段进行操作后到达起点站进行倒车入库；而起点起步的路线则是从起点站出发，沿着考核路线进行操作，直到到达终点站。