当员工在公司发生工伤时，公司应按照《工伤保险条例》等相关法律法规进行赔偿。

首先，公司应协助员工申请工伤认定，确认工伤性质和等级。其次，根据工伤认定结果，公司需支付相应的医疗费用、康复费用、伤残辅助器具费等实际支出。若员工因工受伤导致残疾，公司还需支付一次性伤残补助金以及按月发放伤残津贴。此外，员工在停工留薪期内，公司应支付原工资福利待遇。最后，如工伤导致员工死亡，公司应支付丧葬补助金、供养亲属抚恤金及一次性工亡补助金等。具体赔偿金额依据工伤认定结果和地方政策而定。