通过囊泡运输的物质主要有两类：一、囊泡膜上的膜蛋白和脂类等，参与细胞器的组成与特定的细胞功能（如细胞代谢和信号转导等）；二、囊泡所包裹的内含物，如神经递质、激素、各种酶和细胞因子等，这些物质可参与蛋白质或脂类的降解或剪切功能等，或者分泌到细胞外，调节自身或其它细胞的功能。

工作方式囊泡运输既是生命活动的基本过程，又是一个极其复杂的动态过程，在高等真核生物中尤其如此，涉及到许多种类的蛋白质和调控因子。囊泡运输一般包括出芽、锚定和融合等过程，需要货物分子、运输复合体、动力蛋白和微管等的参与以及多种分子的调节。细胞内的囊泡运输系统，就好比一个城市的交通运输系统，各种具有动力（即动力蛋白）的不同车辆（即运输复合体）装载着所运输的不同货物（即囊泡上的货物分子），按照指定的行驶路线（即微管）抵达目的地后，完成货物的卸载。一个城市的良好交通运输状况，需要精细的交通控制（即调节分子）。如果控制得不好，某些地方就会出现交通拥堵，严重时整个城市的交通都会瘫痪。当类似情况出现在我们的细胞内时，这些细胞就无法实现正常功能，甚至会因而死亡。囊泡运输是所有细胞都具有的物质运输方式，神经细胞在囊泡运输研究中最具代表性，主要是因为神经细胞内存在着一种特殊类型的囊泡（突触囊泡），它参与了神经递质的释放。