一本宁波大学海运学院的前身为1986年设置的原浙江水产学院航海系的海洋船舶驾驶专业和1987年设置的原浙江水产学院机械系的轮机管理专业。

1991年，轮机管理专业从浙江水产学院机械系里分离出来，并入航海系管理。1994年，轮机管理专业又从航海系里分离出来，成立轮机系。1996年10月，浙江水产学院宁波分院与宁波大学合并，同年12月原浙江水产学院宁波分院航海系和轮机系合并成立宁波大学海运学院。

2001年5月，原国家海洋局所属的宁波海洋学校船舶类专业并入宁波大学海运学院。