囊泡主要由脂质双层膜和蛋白质构成。

脂质双层膜由两层磷脂分子组成，它们在水环境中自发地排列成双层结构，形成了一个稳定的、水溶性的内部环境和一个疏水的外部环境。蛋白质则嵌入或附着在脂质双层膜上，有的负责物质运输，有的参与信号传导，还有的具有酶活性，能够催化生化反应。此外，囊泡内还可能包含一些被包裹的分子，如神经递质、激素等，这些分子通过囊泡在细胞内或细胞间进行传递。