养殖用地改变用途的处理方式有以下两种情况：如果是已经审批的农业用地，变成养殖场，需要办理设施农用地审批手续，一般流程包括：养殖场的建设申请；由乡镇政府初审，并出具初审意见；国土资源部派员到现场进行勘测，符合条件的，予以办理设施农用地手续。

如果是已有养殖场改变土地用途，则涉嫌违法，需要退还非法占用的土地，恢复土地原状，并处罚款等。需要注意的是，具体处理方式可能因地区、政策等不同而有所差异，建议养殖场负责人咨询当地相关部门了解详细政策规定。