是的，邓肯的新秀赛季时期在1999-2000赛季中夺得了NBA总冠军。

邓肯是圣安东尼奥马刺队的队长，他带领球队在季后赛中战胜了纽约尼克斯队，赢得了队史上第一座总冠军奖杯。邓肯在这个赛季中表现出色，被评为最有价值球员(MVP)，这是他职业生涯中的第一个MVP奖项。这个赛季的成功为邓肯和马刺队奠定了一个强大的基础，让他们成为了NBA历史上最成功的球队之一。