一层楼是商铺，二三层是别墅房，产权证是一本还是二本？

按你所描述的一层楼是商铺，二三层是别墅，这样的房子开发商一定会将上下分开卖的，因为商铺的价格是住宅价格的几倍，就算上面别墅价格也不会比商铺高的，所以上下的房子是两个本子。